Počiatky činnosti sa datujú do roku 1992, kedy sa začala riešiť otázka prechodu štátneho majetku do súkromných rúk formou kupónovej privatizácie a budovanie základov kapitálového trhu na Slovensku. A práve vtedy vzniklo Stredisko cenných papierov SR, a.s. (SCP). Po spustení prevádzky v SCP sa otvorilo viac ako 2,6 milióna účtov majiteľov zaknihovaných cenných papierov na ktoré sa pripísali akcie z emisií vydaných spoločnosťami privatizovaných prostredníctvom prvej vlny kupónovej privatizácie. Relevantnosť Strediska cenných papierov SR, a.s. sa potvrdila aj v roku 1994, kedy sa SCP stalo členom Asociácie národných číslovacích agentúr (ANNA), ktorá združuje organizácie prideľujúce cenným papierom kódy v súlade s medzinárodnými štandardmi. V polovici deväťdesiatych rokov prebehla na Slovensku druhá vlna kupónovej privatizácie, kde SCP zohralo dôležitú úlohu. Pripísalo totiž 3,3 miliónom obyvateľom na ich majetkové účty dlhopisy Fondu národného majetku SR. Stredisko cenných papierov SR, a.s. vyvíjalo aktivity aj v stredoeurópskom regióne. V roku 1998 sa stalo zakladajúcim členom Asociácie centrálnych depozitárov strednej a východnej Európy (CEESDA), ktorá sa v roku 2006 spojila s Európskou asociáciou centrálnych depozitárov ECSDA.
Pre úvodné roky nového milénia je charakteristický veľký medziročný nárast poskytovaných služieb. Napríklad v roku 2001 to bolo na úrovni viac ako 23 %. Rok 2004 bol v histórii centrálneho depozitára obzvlášť výnimočný. Stredisko cenných papierov SR, a.s. sa v súlade s novou legislatívnou úpravou transformovalo na Centrálny depozitár cenných papierov SR, a.s. (CDCP) v podobe ako ho poznáte dnes. Ihneď po svojej transformácii sa depozitár začlenil do vznikajúceho jednotného kapitálového trhu EÚ a to nadviazaním vzťahov s okolitými krajinami. V roku 2006 tak depozitár udelil členstvo prvému zahraničnému členovi, ktorým bol Poľský centrálny depozitár (KDPW). V marci 2006 sa stala stopercentným akcionárom CDCP spoločnosť Burza cenných papierov v Bratislave, a.s. (BCPB) ako výsledok vkladu majetkovej účasti štátu na podnikaní CDCP do základného imania BCPB. Rozvoj aktivít a služieb dokazuje aj rok 2014 kedy depozitár začal prideľovať kód LEI podľa medzinárodnej normy ISO 17442 ako tzv. pre-LOU. Z pohľadu depozitára rok 2017 bol mimoriadne úspešný. A to z dvoch dôvodov. Jednak kvôli tomu, že depozitár úspešne prešiel na európsku platformu Target 2-Securities (T2S). Prechodom na T2S bolo dovŕšené niekoľkoročné úsilie CDCP a jeho účastníkov o harmonizáciu služieb vysporiadania cenných papierov s európskymi depozitármi a úplné začlenenie sa do jednotného kapitálového trhu EÚ spolu s účastníkmi kapitálového trhu na Slovensku. Druhým dôvodom je pokračovanie v upevňovaní svojho postavenia na trhu a v pozitívnom trende hospodárenia z posledných rokov. V roku 2018 CDCP preukázal, že spĺňa všetky podmienky vyžadované nadáciou GLEIF (Global Legal Entity Identifier Foundation) a 30.1.2018 získal od nadácie certifikát, ktorý potvrdzuje úspešnú akreditáciu CDCP pre prideľovanie kódu LEI subjektom z jurisdikcie Slovenskej a Českej republiky. Prideľovanie a správa LEI kódu je zároveň prvou službou, ktorú CDCP poskytuje bez potreby osobnej návštevy klienta. Od februára 2018 britská spoločnosť EuroMTS Ltd. začala využívať služby CDCP na vyrovnanie obchodov so slovenskými štátnymi cennými papiermi, ktoré boli uzatvorené na viacstrannom obchodnom systéme v segmente MTS Slovakia, čím sa potvrdila akceptácia služieb CDCP rešpektovanými zahraničnými subjektmi. Proces získania povolenia na činnosť centrálneho depozitára v súlade s Nariadením EÚ č.909/2014 o zlepšení vyrovnania transakcií s cennými papiermi v Európskej Únii, centrálnych depozitároch cenných papierov a o zmene smerníc 98/26/ES a 2014/65/EÚ a nariadenia (EÚ) č. 236/2012 (Nariadenie CSDR) bol zavŕšený začiatkom roka 2019, kedy Národná banka Slovenska udelila CDCP povolenie na činnosť v súlade s Nariadením CSDR. Harmonizácia procesov CDCP s európskymi štandardmi pokračovala v roku 2019 implementáciou štandardov pre spracovanie vybraných typov korporátnych udalostí. CDCP koncom roka 2019 zaviedol do svojho systému funkcionalitu automatického zasielania oznámení o zmenách v emisiách, pri ktorých nedochádza k pohybu cenných papierov na účtoch. Zmeny sa takto oznamujú ešte pred ich spracovaním, čím sa zlepšila informovanosť účastníkov CDCP.
